原生驱动是在只使用 一个 数据库的情况下的不错的方式，但如果，举个例子来说，你同时使用了 MySQL 和一点点 MS SQL Server，或者你需要使用 Oracle 的数据库，那你就不能够只使用一个数据库驱动了。你需要为每一个数据库去学习各自不同的 API — 这样做显然不科学。
mysql 非常古老，并且已经被以下两个扩展取代：
PHP 中的 mysql 扩展已经不再进行新的开发了，在 PHP 5.5.0 版本中正式标记为废弃，并在 7.0 正式被移除
想要辨别 mysql 是否被使用，你不需要到 php.ini 去查看。只需要使用编辑器打开你的项目，然后全局搜索 mysql_* ，如果有类似 mysql_connect() 或者 mysql_query() 方法出现，那么你就使用了 mysql。
如果因为特别原因还未考虑升级到 PHP 7.x 的话，可以考虑使用 mysqli 或者 PDO 来临时解决问题。
如果你是从 mysql 升级到 mysqli，请尽量不要使用全局替换 mysql_* 为 mysqli_*。你会错过 mysqli 提供的一些优秀特性，如数据参数绑定，此功能能有效的防止 SQL 注入攻击。PDO 也提供此功能。
PDO 是一个数据库连接抽象类库 — 自 5.1.0 版本起内置于 PHP 当中 — 它提供了一个通用的接口来与不同的数据库进行交互。比如你可以使用相同的简单代码来连接 MySQL 或是 SQLite：
<?php
// PDO + MySQL
$pdo = new PDO('mysql:host=example.com;dbname=database', 'user', 'password');
$statement = $pdo->query("SELECT some_field FROM some_table");
$row = $statement->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
echo htmlentities($row['some_field']);
// PDO + SQLite
$pdo = new PDO('sqlite:/path/db/foo.sqlite');
$statement = $pdo->query("SELECT some_field FROM some_table");
$row = $statement->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
echo htmlentities($row['some_field']);
PDO 并不会对 SQL 请求进行转换或者模拟实现并不存在的功能特性；它只是单纯地使用相同的 API 连接不同种类的数据库。
更重要的是，PDO 使你能够安全的插入外部输入(例如 ID)到你的 SQL 请求中而不必担心 SQL 注入的问题。这可以通过使用 PDO 语句和限定参数来实现。
我们来假设一个 PHP 脚本接收一个数字 ID 作为一个请求参数。这个 ID 应该被用来从数据库中取出一条用户记录。下面是一个错误的做法：
<?php
$pdo = new PDO('sqlite:/path/db/users.db');
$pdo->query("SELECT name FROM users WHERE id = " . $_GET['id']);
// 此处用参数绑定方式，而不要直接取 &_GET，因为很容易被SQL注入!
这是一段糟糕的代码。你正在插入一个原始的请求参数到 SQL 请求中。这将让被黑客轻松地利用[SQL 注入]方式进行攻击。想一下如果黑客将一个构造的 id 参数通过像 http://domain.com/?id=1%3BDELETE+FROM+users 这样的 URL 传入。这将会使 $_GET['id'] 变量的值被设为 1;DELETE FROM users 然后被执行从而删除所有的 user 记录！因此，你应该使用 PDO 限制参数来过滤 ID 输入。
<?php
$pdo = new PDO('sqlite:/path/db/users.db');
$stmt = $pdo->prepare('SELECT name FROM users WHERE id = :id');
//记录要过滤GPC参数：GET/POST/COOKIE
$id = filter_input(INPUT_GET, 'id', FILTER_SANITIZE_NUMBER_INT);
//被PDO参数绑定，并要求为INT类型
$stmt->bindParam(':id', $id, PDO::PARAM_INT);
$stmt->execute();
这是正确的代码。它在一条 PDO 语句中使用了一个限制参数。这将对外部 ID 输入在发送给数据库之前进行转义来防止潜在的 SQL 注入攻击。
对于写入操作，例如 INSERT 或者 UPDATE，进行数据过滤并对其他内容进行清理（去除 HTML 标签，Javascript 等等）是尤其重要的。PDO 只会为 SQL 进行清理，并不会为你的应用做任何处理。
你也应该知道数据库连接有时会耗尽全部资源，如果连接没有被隐式地关闭的话，有可能会造成可用资源枯竭的情况。不过这通常在其他语言中更为常见一些。使用 PDO 你可以通过销毁（destroy）对象，也就是将值设为 NULL，来隐式地关闭这些连接，确保所有剩余的引用对象的连接都被删除。 如果你没有亲自做这件事情，PHP 会在你的脚本结束的时候自动为你完成 —— 除非你使用的是持久链接。